“농산물은 세금계산서를 못 받는데 매입세액은 어떻게 하나요?”
“도시락을 만들어 파는데 어느 공제율인가요?”
“농민에게 직접 사면 더 유리한가요?”
면세로 산 원재료에는 부가세가 붙어 있지 않습니다. 그런데 그것으로 만든 물건은 과세로 팔립니다. 이 어긋남을 메우는 것이 의제매입세액공제이고, «제조·가공을 거쳤는가»가 모든 판단의 출발점입니다.
핵심 요약
면세 농산물 등을 원재료로 제조·가공해 과세되는 재화·용역으로 공급할 때 공제받습니다.
면세포기로 영세율이 적용되는 경우에는 공제를 받을 수 없습니다 — 제조·가공을 거치지 않기 때문입니다.
접객시설 없이 도시락을 제조·판매하거나 식품제조·가공업으로 조리·포장해 운송하면 제조업 공제율을 적용합니다.
01. 의제매입세액공제란 무엇인가요?
면세로 산 물건에는 부가세가 없으므로 원래는 공제할 매입세액도 없습니다. 그런데 그것을 가공해 파는 순간 매출에는 부가세가 붙습니다. 그대로 두면 공제 없이 매출세액만 내는 구조가 되어 세부담이 왜곡되기 때문에 «있는 것으로 의제»해 공제해 주는 것입니다.
02. 제조·가공을 거쳐야 한다는 게 왜 중요한가요?
이 요건이 빠지면 공제가 막히기 때문입니다. 국세청은 면세사업자가 면세포기로 영세율이 적용되는 경우에는 의제매입세액공제를 받을 수 없다고 봅니다. 이유는 제조·가공을 거치지 않았기 때문입니다 국세청 상담사례(서면3팀-2654) · 2026-09.
반대로 건설업이라도 요건을 갖추면 됩니다 — 건설업을 영위하는 사업자가 면세되는 임산물을 원재료로 하여 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액으로 공제받을 수 있습니다 국세청 상담사례(서면3팀-1402) · 2026-09.
03. 공제율은 어떻게 정해지나요?
업종에 따라 다릅니다. 실무에서 자주 갈리는 것은 «제조업이냐 음식점업이냐»입니다. 국세청 해석으로 정리된 사례는 다음과 같습니다.
| 사례 | 적용 공제율 |
|---|---|
| 접객시설 없이 도시락을 제조하여 판매하는 경우 | 제조업 공제율 |
| 식품제조·가공업으로 영업신고한 법인이 접객시설 없이 소비자가 주문한 음식을 조리·포장하여 유통 가능한 음식물 상태로 운송·공급하는 경우 | 제조업 공제율 |
국세청 상담사례(제도 46015-12574 · 법규과-910) · 2026-09
두 사례의 공통점은 «접객시설이 없다»는 것입니다. 손님이 앉아 먹는 공간을 두고 파는 것과, 만들어 내보내는 것은 성격이 다르게 판단됩니다.
04. 공제가 안 되는 경우는 언제인가요?
«농민에게 직접 사면 싸다»는 판단이 세무에서는 반대로 작동할 수 있는 자리입니다. 의제매입세액공제도 증빙이 있어야 성립합니다.
05. 사업장이 여럿이면 한도는 어떻게 보나요?
공제에는 한도가 있고, 그 한도의 기준이 되는 «과세표준»을 어디까지로 볼지가 문제가 됩니다.
| 구분 | 한도 기준 |
|---|---|
| 사업자단위과세사업자 | 사업자단위과세사업자 전체의 과세표준을 한도로 세액공제 |
| 총괄납부사업자 | «해당 과세기간에 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준»은 제조장에서 공급한 과세표준과 직매장을 통해 판매한 과세표준을 합한 금액 |
국세청 상담사례(부가-86 · 법규과-422) · 2026-09
제조장에서만 판 것으로 한도를 잡으면 직매장 매출이 빠져 한도가 작아집니다. 공장과 매장을 나누어 운영하는 경우 특히 확인해야 하는 부분입니다.
06. 의제매입세액공제, 자주 묻는 질문은 무엇인가요?
면세 농산물을 샀는데 매입세액공제를 받을 수 있나요?
그 농산물을 원재료로 제조·가공해 과세되는 재화나 용역으로 공급한다면 의제매입세액공제를 받을 수 있습니다.
면세포기해서 영세율을 적용받는 경우는요?
의제매입세액공제를 받을 수 없습니다. 제조·가공을 거치지 않았기 때문입니다.
건설업도 의제매입세액공제가 되나요?
면세되는 임산물을 원재료로 하여 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액으로 공제받을 수 있습니다.
도시락을 만들어 파는데 어느 공제율인가요?
접객시설 없이 도시락을 제조하여 판매하는 경우에는 제조업 공제율을 적용합니다.
농민에게 직접 사면 공제가 더 되나요?
조경공사업자가 농민으로부터 직접 수목을 공급받는 경우처럼 계산서나 영수증을 교부받을 수 없다면 의제매입세액공제를 할 수 없습니다.
공장과 직매장이 따로 있으면 한도는 어떻게 계산하나요?
총괄납부사업자의 경우 한도 계산의 과세표준은 제조장에서 공급한 과세표준과 직매장을 통해 판매한 과세표준을 합한 금액입니다.
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