# 면세 농산물을 사서 만들면 매입세액을 공제받나요?

- 원문: https://bongjeongtax.co.kr/vat/deemed-input-vat/
- 분류: 부가가치세
- 작성: 국세청 출신 김근희 세무사 (세무법인봉정 성수지점)
- 발행: 2026-09-16 · 수정: 2026-09-16

> 면세 농산물 등을 원재료로 제조·가공해 과세로 공급하면 의제매입세액공제를 받습니다. 제조업 공제율 적용 사례와 공제가 막히는 경우를 국세청 해석으로 정리했습니다.

## 핵심 요약

- 면세 농산물 등을 **원재료로 제조·가공**해 과세되는 재화·용역으로 공급할 때 공제받습니다.
- **면세포기로 영세율이 적용되는 경우에는 공제를 받을 수 없습니다** — 제조·가공을 거치지 않기 때문입니다.
- **접객시설 없이 도시락을 제조·판매**하거나 **식품제조·가공업으로 조리·포장해 운송**하면 **제조업 공제율**을 적용합니다.

“농산물은 세금계산서를 못 받는데 매입세액은 어떻게 하나요?”

“도시락을 만들어 파는데 어느 공제율인가요?”

“농민에게 직접 사면 더 유리한가요?”

면세로 산 원재료에는 부가세가 붙어 있지 않습니다. 그런데 그것으로 만든 물건은 과세로 팔립니다. 이 어긋남을 메우는 것이 의제매입세액공제이고, **«제조·가공을 거쳤는가»**가 모든 판단의 출발점입니다.

## 01. 의제매입세액공제란 무엇인가요?

의제매입세액공제란 부가가치세가 면제되는 농산물 등을 원재료로 사서 제조·가공한 뒤 과세되는 재화나 용역으로 공급하는 경우, 그 원재료 매입가액에 일정 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로 보아 공제해 주는 제도를 말합니다.

면세로 산 물건에는 부가세가 없으므로 원래는 공제할 매입세액도 없습니다. 그런데 그것을 가공해 파는 순간 매출에는 부가세가 붙습니다. 그대로 두면 **공제 없이 매출세액만 내는 구조**가 되어 세부담이 왜곡되기 때문에 «있는 것으로 의제»해 공제해 주는 것입니다.

## 02. 제조·가공을 거쳐야 한다는 게 왜 중요한가요?

이 요건이 빠지면 공제가 막히기 때문입니다. 국세청은 **면세사업자가 면세포기로 영세율이 적용되는 경우에는 의제매입세액공제를 받을 수 없다**고 봅니다. 이유는 **제조·가공을 거치지 않았기 때문**입니다  (출처: 국세청 상담사례(서면3팀-2654) · 2026-09).

반대로 **건설업**이라도 요건을 갖추면 됩니다 — 건설업을 영위하는 사업자가 **면세되는 임산물을 원재료로 하여 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우**에는 의제매입세액으로 공제받을 수 있습니다  (출처: 국세청 상담사례(서면3팀-1402) · 2026-09).

**업종 이름이 아니라 «구조»를 봅니다** «제조업이니까 된다»가 아니라 **면세 원재료 → 제조·가공 → 과세 공급**이라는 흐름이 있는지를 봅니다. 그래서 건설업도 가능하고, 면세포기 영세율은 안 되는 것입니다.

## 03. 공제율은 어떻게 정해지나요?

업종에 따라 다릅니다. 실무에서 자주 갈리는 것은 **«제조업이냐 음식점업이냐»**입니다. 국세청 해석으로 정리된 사례는 다음과 같습니다.

| 사례 | 적용 공제율 |
| --- | --- |
| 접객시설 없이 도시락을 제조하여 판매하는 경우 | 제조업 공제율 |
| 식품제조·가공업으로 영업신고한 법인이 접객시설 없이 소비자가 주문한 음식을 조리·포장하여 유통 가능한 음식물 상태로 운송·공급하는 경우 | 제조업 공제율 |

(출처: 국세청 상담사례(제도 46015-12574 · 법규과-910) · 2026-09)

두 사례의 공통점은 **«접객시설이 없다»**는 것입니다. 손님이 앉아 먹는 공간을 두고 파는 것과, 만들어 내보내는 것은 성격이 다르게 판단됩니다.

## 04. 공제가 안 되는 경우는 언제인가요?

**증빙을 받을 수 없는 경우** 조경공사업자가 수목을 **농민으로부터 직접 공급받는 경우**에는 **계산서 또는 영수증을 교부받을 수 없어 의제매입세액 공제를 할 수 없습니다**  (출처: 국세청 상담사례(서면3팀-1402) · 2026-09).

«농민에게 직접 사면 싸다»는 판단이 세무에서는 반대로 작동할 수 있는 자리입니다. 의제매입세액공제도 **증빙이 있어야** 성립합니다.

## 05. 사업장이 여럿이면 한도는 어떻게 보나요?

공제에는 한도가 있고, 그 한도의 기준이 되는 «과세표준»을 어디까지로 볼지가 문제가 됩니다.

| 구분 | 한도 기준 |
| --- | --- |
| 사업자단위과세사업자 | 사업자단위과세사업자 전체의 과세표준을 한도로 세액공제 |
| 총괄납부사업자 | «해당 과세기간에 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준»은 제조장에서 공급한 과세표준과 직매장을 통해 판매한 과세표준을 합한 금액 |

(출처: 국세청 상담사례(부가-86 · 법규과-422) · 2026-09)

제조장에서만 판 것으로 한도를 잡으면 **직매장 매출이 빠져 한도가 작아집니다.** 공장과 매장을 나누어 운영하는 경우 특히 확인해야 하는 부분입니다.

**공신력 있는 자료로 확인하기** 의제매입세액 관련 해석은 [국세상담센터](https://call.nts.go.kr) 부가가치세 «매입세액»에 정리되어 있습니다. 공제율과 한도는 업종·연도에 따라 달라지므로 신고 전 확인이 필요하며, 상담사례는 유권해석이 아닙니다.

## 06. 의제매입세액공제, 자주 묻는 질문은 무엇인가요?

## 자주 묻는 질문

### 면세 농산물을 샀는데 매입세액공제를 받을 수 있나요?

그 농산물을 원재료로 제조·가공해 과세되는 재화나 용역으로 공급한다면 의제매입세액공제를 받을 수 있습니다.

### 면세포기해서 영세율을 적용받는 경우는요?

의제매입세액공제를 받을 수 없습니다. 제조·가공을 거치지 않았기 때문입니다.

### 건설업도 의제매입세액공제가 되나요?

면세되는 임산물을 원재료로 하여 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액으로 공제받을 수 있습니다.

### 도시락을 만들어 파는데 어느 공제율인가요?

접객시설 없이 도시락을 제조하여 판매하는 경우에는 제조업 공제율을 적용합니다.

### 농민에게 직접 사면 공제가 더 되나요?

조경공사업자가 농민으로부터 직접 수목을 공급받는 경우처럼 계산서나 영수증을 교부받을 수 없다면 의제매입세액공제를 할 수 없습니다.

### 공장과 직매장이 따로 있으면 한도는 어떻게 계산하나요?

총괄납부사업자의 경우 한도 계산의 과세표준은 제조장에서 공급한 과세표준과 직매장을 통해 판매한 과세표준을 합한 금액입니다.

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